A compter de mardi 28 novembre 2023, un nouveau serveur Rstudio sera mis à votre disposition sur la plateforme des données hospitalières. Il remplacera l’application actuelle.
Ce nouvel environnement proposera toujours les versions R 4.2.2 et R 4.0.2. et devrait permettre de faciliter l’installation et l’utilisation des packages.
A noter, quelques informations sur la politique de gestion des packages :
Par défaut, l’ensemble des utilisateurs de la plateforme accède à une bibliothèque de packages commune, gérée par l’ATIH.
Cette bibliothèque de « base » contient les packages suivants (et leurs dépendances) :
- L’ensemble du {tidyverse}
- Les packages du framework {tidymodels}
- {data.table}
- {shiny}, {DT]}, {reactable}, {gt}, {openxlsx}
Dès sa première connexion, et quelque soit son organisation, l’utilisateur pourra donc charger ces packages sans avoir à les installer.
Chaque structure dispose par ailleurs d’une bibliothèque propre de packages pour chaque version de R. Celle-ci vient compléter la bibliothèque de « base », et est appelée en priorité par le système lors du chargement des packages. Vous êtes donc autonomes pour installer des packages depuis le CRAN (autres que ceux de la bibliothèque de « base » ou dans des versions différentes). Tous les utilisateurs de votre structure bénéficieront alors de tous les packages installés (bibliothèque propre à votre structure complétés par ceux de la bibliothèque « de base »).
Pour résumer, notre politique actuelle* est relativement simple : tous les utilisateurs peuvent installer un package depuis un miroir du CRAN géré par l’ATIH, et ce package intégrera alors la bibliothèque propre à sa structure.
* Cette politique très ouverte nous semble répondre aux besoins par défaut des organismes qui débutent avec R.Pour les structures qui souhaiteraient mettre en place une politique plus maitrisée des packages, il leur est laissé la possibilité de diffuser leurs propres règles internes en créant des bibliothèques personnelles (par exemple via .libPaths()), ou en formant leurs équipes à l’usage du package renv